Quý cô Margarita tên khai sinh là Margarita Armstrong-Jones Danh dự chào đời vào ngày 14 tháng 5 năm 2002 tại Bệnh viện Portland ở Luân Đôn.[1] Cô là con gái của David Armstrong-Jones, Bá tước thứ 2 xứ Snowdon, khi đó là Tử tước Linley và Serena Stanhope.[2] Thông qua cha mình, cô là cháu gái của Margaret của Liên hiệp Anh và Antony Armstrong-Jones, Bá tước thứ nhất xứ Snowdon và chắt George VI.[3][2] Thông qua mẹ mình, cô là cháu gái của Charles Stanhope, Bá tước thứ 12 xứ Harrington và một hậu duệ của Charles II.[4][5] Cô được đặt tên theo bà nội và bà cố nội của mình, Elizabeth Bowes-Lyon.[1]

Gia đình cô có ba căn nhà: một căn hộ ở Chelsea, Luân Đôn, một căn nhà tranh ở Daylesford, Gloucestershire, và Château d'Autet ở Pháp.[6][7] Là họ hàng gần của gia đình Vương thất Anh, cô dành thời gian nghỉ lễ Giáng sinh ở Nhà Sandringham và nghỉ hè tại Lâu đài Balmoral trong suốt thời thơ ấu của mình.[8][2]

Cha cô kế thừa tước vị Bá tước xứ Snowdon vào năm 2017, vì vậy nên cô có tước vị Quý cô. Cha mẹ của Quý cô Margarita ly hôn vào năm 2020.[8]